Indonesia membantah penubuhan Malaysia yang menggabungkan
Tanah Melayu, Singapura, Sabah dan Sarawak yang terbentuk pada 16 September
1963. Sejak awal perancangan penubuhan Malaysia, Presiden Indonesia, Sukarno
membantah pembentukan Malaysia.
Sukarno beranggapan penubuhan Malaysia satu ancaman
kedaulatan Indonesia dan menggaggalkan rancangan awal untuk menubuhkan
Indonesia Raya menggabungkan Indonesia, Tanah Melayu dan Borneo.
Indonesia percaya bahawa penubuhan Malaysia adalah satu
bentuk neo-imperialisme, dan neo-kolonialisme dan melihatnya sebagai ancaman
kepada integriti wilayahnya, dan aspirasi penduduk berbahasa Indonesia di
wilayah jiran.
Sikap penentangan Indonesia itu sudah tentu mendapat tindak
balas Tanah Melayu, terutama Perdana Menteri, Tunku Abdul Rahman melalui ucapan
dan kenyataan. Malah, Tunku Abdul Rahman dituduh memijak bendera Indonesia.
Namun hal ini dinafikan oleh Tunku.
Susulan itu, pada 20 Jan 1963, kerajaan Indonesia
menerbitkan deklarasi Konfrontasi yang mengutuk pembentukan Malaysia.
Konfrontasi bermaksud pertentangan secara langsung tanpa mengisytiharkan
perang.
Biarpun tidak mengisytiharkan perang, tindakan penyusupan
tentera Indonesia dilakukan terhadap kawasan Malaysia. Pertempuran melibatkan
anggota tentera berlaku di kawasan tertentu.
Konfrontasi berlangsung dari 20 Jan 1963 hingga 11 Ogos 1966.
Konfronasi ini berakhir apabila Sukarno digulingkan oleh Suharto pada 1966. Suharto
tidak berminat meneruskan polisi Sukarno, dan memulakan rundingan damai pada
Mei 1966 yang berakhir dengan perjanjian pada 11 Ogos 1966.
Sepanjang konfrontasi ini (1962-1966) seramai 114 askar dari
negara Komanwel, 36 orang awam Sarawak dan lebih daripada 590 orang askar
Indonesia terbunuh.